Après les recents evenements s'etant déroulés sur la planete Zebes, la fédération conclut que les metroïds etaient un danger pour l'humanité. Ils allerent donc sur la planete SR388, la planete d'origine des metroïds pour tous les exterminer et ainsi ramener la paix dans la galaxis mais echouèrent dans leur tache. Il fallait se rendre à l'evidence, seule Samus Aran la redoutable chasseuse de prime pouvait accomplir cet exploit. Elle partit donc sur SR388 et reussi à tous les exterminer sauf une larve Metroïde qui eclot juste sous ses yeux. Le nouveau né se prit en effet d'une affection naturelle pour Samus qui décida de l'épargner et de le confier à la fédération pour qu'ils puissent l'etudier. Les Metroïds allaient donc pouvoir servir pour le bien de l'humanité...